Greenpeace, Natuur en Milieu, Milieudefensie en de Zeeuwse Milieufederatie hebben op 15 september 1994 bezwaar aangete­kend tegen de vergunning voor de 'modificatie' van de kerncen­trale. Deze organisaties stellen dat Borssele na modificatie nog steeds niet zal voldoen aan de veiligheidseisen die de Nederlandse regering stelt aan nieuwe kerncentrales. Ook schiet het bij de vergunning behorende milieu-effect rapport ernstig tekort. Zo ontbreekt een schatting van het aantal mensen dat in de jaren na een ongeluk met de kerncentrale zal overlijden aan stralingsziekten. Het rapport rept evenmin van de gevolgen van een ongeluk voor de drinkwatervoorziening, en -via bodembesmetting- voor landbouw, recreatie en industrie. Ook wijzen deze organisaties erop dat door gaan met de kern­centrale een vergroting betekent van het onoplosbare probleem van het radioactieve afval. Daarom hebben genoemde milieuorga­nisaties de Raad van State gevraagd de vergunning te vernieti­gen.[37] De Raad van State stemde hier echter niet mee in.

Het besluit van minister Andriessen van 7 mei 1993 voor een langere vergunningsprocedure betekende een vertraging van de aanpassing van de kerncentrale met twee jaar. De Elektrici­teitsbedrijf Zuid-Holland stemde hier niet mee in: men achtte een investering van 467 miljoen in een centrale die volgens de planning in het jaar 2004 gesloten zou worden niet verant­woord. Daar kwam nog de kostenstijging van 325 à 400 naar 467 miljoen bij.

Daarop stelden de SEP, de Samenwerkende Elektriciteits- pro­duktiebedrijven, voor de centrale drie jaar langer, dus tot 2007 open te houden. De vier aandeelhouders van de SEP stemden daarmee in. Ze stelden wel als voorwaarde dat het oplappen van de kerncentrale niet meer dan 467 miljoen gulden zal kosten, in 1997 gereed is en dat minister Andriessen accoord gaat met verlenging van de levensduur tot 2007 [38]. Het is echter niet zeker of het bedrag van 467 miljoen voldoende is.

De verlenging van de levensduur is opgenomen in het Elektrici­teitsplan 1995-2004 dat de SEP op 24 maart 1994 heeft vastge­steld [39]. Op 23 juni 1994 vond hierover een mondeling overleg plaats in de Tweede Kamer, waar van verschillende zijden vragen werden gesteld bij de economische kant van de modifica­tie van de kerncentrale Borssele [40]. Bij het daarop volgend plenaire debat op 30 juni [41] dienden M. Vos (Groen Links) en D.Tommel (D66) een motie in. Daarin vroegen de Kamerleden de regering "de goedkeuring te onthouden aan het deel van het Elektriciteitsplan dat voorziet in de combinatie van renovatie en bijbehorende levensduurverlenging van de kerncentrale Borssele" [42]. De minister van Economische Zaken ad interim, Wim Kok, zegde toe dat het nieuwe kabinet met een nadere afweging zou komen over de levensduur en de relatie tot de modificatie, en die afweging aan de Tweede Kamer ter beoordeling voor te leggen [43]. Daarop besloten Vos en Tommel de motie aan te houden [44]. De Tweede Kamer had derhalve nog de mogelijkheid de modifi­catie af te keuren.

Daarop stelden de SEP voor de centrale drie jaar langer, dus tot 2007 open te houden. De vier aandeelhouders van de SEP stemden daar­mee in. Ze stelden wel als voorwaarde dat het op­lappen van de kerncentrale niet meer dan 467 miljoen gulden zal kosten, in 1997 gereed is en dat minister Andriessen akkoord gaat met verlenging van de levensduur tot 2007. De Tweede Kamer nam in december 1994 een motie aan om de kern­cen­trale eind 2003 te sluiten[45].

De overheid verleende in 1994 een vergunning voor de modernise­ring van de kerncentrale. Er werden 16 wijzigingen uitgeerd. Er is een aanvullend reserve-koelwatersysteem geï­nstalleerd en de capaciteit van de noodstroomvoorziening werd vergroot. De exploitant stelde: "Door de diverse systemen te verplaatsen naar gebouwen die tegen externe invloeden bestand zijn, kan de eenheid - volgens de nieuwe inzichten - ongeluk­ken met vliegtuigen, gaswolkexplosies, een aardbeving, een overstroming of langdurige uitval van de koeling van de We­sterschelde veilig doorstaan." De werkzaamheden waren in 1997 ge­reed[46]. De kans op een kernsmelting wordt nu berekend op 4,3x10-6/jaar (was 5,6x10-5/jaar)­­[47].

Hierbij kunnen we aantekenen dat de kerncentrale misschien een neerstortend vliegtuig beter kan doorstaan, sinds 11 september is daar bijgekomen terroristische aanslagen via een vliegtuig.

Het Amerikaanse Electric Power Institute heeft de gevolgen van het neerstorten bestudeerd van een 767-400 vliegtuig met volle belading met een snelheid van 350 miles per uur op kerninstal­laties, zoals het containmant van een kerncentrale of bassins met gebuikte brandstofelementen. Uit de studie volgt dat het vliegtuig het containment niet zal doorboren, maar wel zal beschadigen.[48] Wij kennen geen bewijzen dat Borssele een dergelijke aanslag kan doorstaan: daarvoor zouden we gedetai­leerde kennis moeten hebben.

Toch overtuigen redeneringen over kleine kansen op ongelukken ons niet. Ook al is een kans klein, het is mogelijk dat een ramp van grote omvang morgen gebeurt. Een dergelijke ramp willen we uitsluiten en dat is één argument voor de sluiting van de KCB.